Президиум Союза ММА России формирует концепцию развития смешанных боевых единоборств в стране, разрабатывает и утверждает нормативные акты по виду спорта, назначает руководителя всероссийской коллеги судей (ВКС) и главных судей в федеральных округах России.
На этом посту Емельяненко сменил Радмира Габдуллина. Отмечается, что Емельяненко получил пост президента, хотя изначально не выдвигал свою кандидатуру. Еще один претендент Андрей Терентьев снял свою кандидатуру в пользу Емельяненко.
Емельяненко возглавлял Союз с 2012-го до 2018-го. Затем он стал почетным президентом и председателем наблюдательного совета организации.
Первым вице-президентом избран Андрей Терентьев (президент федерации ММА Омской обл.), вице-президентами стали Юрий Фоломкин (президент федерации ММА Новосибирской обл.) и Дмитрий Кузнецов (генеральный директор Центра спорта и образования «Самбо-70»).